Data on genetic polymorphism of flax

Novakovskiy R.O., Dvorianinova E.M., Rozhmina T.A., Pushkova E.N., Povkhova L.V., Snezhkina A.V., Krasnov G.S., Kudryavtseva A.V., Melnikova N.V., Dmitriev A.A., Kudryavtseva L.P., Gryzunov A.A.

Data on genetic polymorphism of flax (linum usitatissimum l.) pathogenic fungi of fusarium, colletotrichum, aureobasidium, septoria, and melampsora genera // Data in Brief. 2020. Т. 31. С. 105710.

Как ценное сельскохозяйственное растение, лён ( Linum usitatissimum L.) используется для производства масла и волокна. Однако при выращивании этого сельского хозяйства остро стоит проблема восприимчивости льна к грибковым заболеваниям. Наиболее разрушительные вызывают представители Fusarium, Colletotrichum, Aureobasidium, Septoria , Melampsora.родов, значительно снижая урожайность льна. Для эффективной борьбы с такими патогенами очень важно оценить их генетическое разнообразие, которое можно использовать для разработки молекулярных маркеров для различения родов и видов грибов. 

Морфологический анализ, традиционно выполняемый для идентификации грибов, требует определенного времени и, как правило, затруднен. В настоящей работе мы определили последовательности ДНК, которые часто используются для филогенетических исследований у грибов - внутренний транскрибируемый спейсер (ITS) и бета-тубулин ( tub2 ), фактор элонгации трансляции 1-альфа ( tef1 ), наибольшая субъединица РНК-полимеразы II ( RPB1 ), вторая по величине субъединица РНК-полимеразы II ( RPB2 ) и поддерживающий белок минихромосомы ( MCM7) гены - для 203 грибковых патогенов льна Fusarium oxysporum, F. avenaceum, F. solani, F. sporotrichiella, F. moniliforme, F. culmorum, F. semitectum, F. gibbosum, Colletotrichum lini, Aureobasidium pullulans, Septoria linicola и Виды Melampsora lini . 

Секвенирование выполняли с использованием платформы Illumina MiSeq с набором 300 + 300 п.н., и в среднем было получено около 2350 считываний на образец, что позволяет точно идентифицировать генетический полиморфизм. Необработанные данные хранятся в архиве чтения последовательности под номером доступа PRJNA596387. Полученные данные могут быть использованы для филогенетических исследований грибов и разработки тест-системы на основе ПЦР для идентификации патогенов льна.

ДНК экстрагировали из 203 образцов грибковых патогенов льна ( Linum usitatissimum L.) Fusarium oxysporum, F. avenaceum, F. solani, F. sporotrichiella, F. moniliforme, F. culmorum, F. semitectum, F. gibbosum, Colletotrichum lini, Виды Aureobasidium pullulans, Septoria linicola и Melampsora lini, полученные из коллекции фитопатогенов Института льна (Торжок, Россия)

Набор данных может быть активно использован для оценки генетического разнообразия и филогенетических исследований грибов родов Fusarium, Colletotrichum, Aureobasidium, Septoria и Melampsora. Эти данные могут поддержать тех, кто работает в области молекулярной генетики грибов, и тех, кто работает с грибковыми патогенами растений. Родство и эволюция грибов родов Fusarium, Colletotrichum, Aureobasidium, Septoria и Melampsora можно оценить с помощью предоставленного набора данных.

Полученные данные открывают возможность создания тест-системы для идентификации патогенов льна на основе информации о генетическом полиморфизме.