Изоляция Linum usitatissimum L.

Дворянинова Екатерина Михайловна, Большева Надежда Леонидовна, Пушкова Елена Николаевна, Рожмина Татьяна Александровна, Жученко Александр Александрович, Новаковский Роман Олегович,  Повхова Любовь Владимировна, 

Сигова Елизавета Александровна, Жернова Даяна Александровна, Борхерт Елена Владимировна, Калужный Дмитрий Николаевич, Мельникова Наталья Владимировна, Дмитриев Алексей Александрович

Изоляция Linum usitatissimum L. Ядерная ДНК позволяет собирать высококачественный геном, International Journal of Molecular Sciences 2022, 23(21), 13244; https://doi.org/10.3390/ijms232113244

Абстракт

Высококачественные последовательности генома помогают прояснить генетическую основу многочисленных биологических процессов и отслеживать эволюцию видов. Для льна (Linum usitatissimum L.) — многофункциональная культура, высококачественные сборки из данных Oxford Nanopore Technologies (ONT) были недоступны, в основном из-за сложности выделения чистой высокомолекулярной ДНК.

В данной статье предложена схема получения смежной сборки L. usitatissimum с использованием данных Nanopore. Мы разработали протокол выделения ядер льна с последующей экстракцией ДНК, который позволяет получить около 5 мкг чистой высокомолекулярной ДНК из 0,5 г листьев.

Такое количество материала может быть собрано даже с одного растения и дает более 30 Гб данных ONT за два пробега MinION. Мы провели сравнительный анализ различных ассемблеров и полировальщиков генома на полученных данных и получили окончательную сборку 447,1-Mb генома L. usitatissimum line 3896 с использованием комбинации Canu-Racon (две итерации)-Medaka. Геном состоял из 1695 контигов и имел N50 6,2 Мб и полноту 93,8% BUSCO из eudicots_odb10.

Наше исследование подчеркивает влияние выбранной стратегии построения генома на результирующие параметры сборки и ее право на будущие геномные исследования.